Aduana Puerto Fénix cuenta con una Administración Aduanera, dependiente de la Dirección General de Aduanas, con enlace al sistema SOFIA, lo cual permite el finiquito de los despachos aduaneros con toda comodidad en el mismo Puerto.
Puerto Fénix está habilitado como Depósito Aduanero Comercial y Público.
Para facilitar y agilizar los trámites de despachos aduaneros dentro de la terminal se encuentran habilitadas oficinas de:
Servicio Nacional de Calidad y Sanidad Vegetal y de Semillas - SENAVE.
Instituto Forestal Nacional - INFONA.
Secretaria Nacional antidroga - SENAD.
Oficina de Municipalidad de Mariano Roque Alonso - MMRA.
Oficina de la Administración de Servicios Portuarios Bolivia - ASPB.
